Największym z nich jest Fort Prusy. Wzniesiony w latach 1743-45, tuż po zdobyciu Nysy przez Prusaków, był jednym z kluczowych elementów twierdzy. Budowla na planie pięcioramiennej gwiazdy otoczona jest suchą fosą, z zachowanym fragmentem zwodzonego mostu. Wewnątrz zbudowano dwukondygnacyjne schrony, tzw. kazamaty, uzupełnione z czasem o system chodników kontr-minerskich. Król pruski Fryderyk II, ten największy awanturnik ówczesnej Europy, zabezpieczał pasem umocnień południowe granice Śląska, który wydarł monarchii habsburskiej. Panuje tu specyficzny mikroklimat i stała temperatura, co sprawia, że zagnieździło się tu sporo nietoperzy. Zamiast pruskich żołdaków w forcie rezydują kozy, dbając o perfekcyjne utrzymanie zieleni. Nawet ta potężna konstrukcja nie uchroniła twierdzy przed kapitulacją w 1807 roku. To, co wystarczyło na Austriaków, nie wystarczyło na Bonapartego. Oblężenie trwało wprawdzie aż 114 dni, ale w końcu wojska napoleońskie zajęły Nysę i jej umocnienia.
Odmienną konstrukcję ma Fort Nysa II – najdalej na północ wysunięty obiekt twierdzy. Zbudowany w II poł. XIX wieku fort, zwany też Regulickim, jest fragmentem umocnień, które pierwotnie miały osłaniać linię kolejową biegnącą do miasta i były fortyfikacjami prowizorycznymi. Po kilku latach przebudowano je, nadając im charakter stałych umocnień.
Fort Regulicki powstał na planie spłaszczonego pięcioboku z załamaną tylną ścianą. Jest fortem jednowałowym, z trawersami i kazamatami w wałach oraz czterema dwukondygnacyjnymi kaponierami w suchej fosie. Kaponiery to rodzaj narożnych fortyfikacji, umożliwiających prowadzenie krzyżowego ognia artyleryjskiego. Wnętrza fortu są sklepione i przykryte stropami na stalowych belkach. W części pomieszczeń zachowały się nieliczne elementy oryginalnego wyposażenia, a część zrekonstruowano, nadając im wygląd i przeznaczenie z epoki.
Obecnie Fort II jest własnością prywatnej fundacji, a na jego terenie rokrocznie odbywają się rekonstrukcje bitwy o Twierdzę Nysa.
Fortyfikacje Twierdzy Nysa to unikalny, jeden z najlepiej zachowanych obiektów tego typu w Europie. Składają się nań zarówno umocnienia budowane jeszcze przez Austriaków np. Fort Wodny czy Bastion św. Jadwigi, jak i te wznoszone później przez Prusaków. Szczęśliwie dla potomnych, te imponujące do dziś fortyfikacje, to jedyne co pozostało po Prusakach. Twierdza Nysa, fascynująca dziś jako przykład nowożytnego systemu obronnego, okazała się być taką pruska Linią Maginota. Twierdza Nysa – przykład nowożytnego systemu obronnego.