Wadowicka świątynia, jak symboliczna klamra, spina czas życia Tego, który podniósł ją do godności Bazyliki Mniejszej i pamięć o Nim. W strzeżonej przez symbolicznych „szwajcarów” kaplicy, zwanej „papieską”, złożone są relikwie św. Jana Pawła II. W czasach szkolnych Karol Wojtyła codziennie modlił się przed cudownym obrazem MB Nieustającej Pomocy.

W kaplicy Świętego Krzyża, z wizerunkiem Ukrzyżowanego Chrystusa, złożono relikwie: św. Ojca Maksymiliana Marii Kolbego, zamęczonego przez Niemców w położonym opodal KL Auschwitz, św. Szymona z Lipnicy, patrona umiłowanego przez Karola Wojtyłę Krakowa oraz św. Ojca Pio, którego polski Papież wyniósł na ołtarze.

Herbem papieskim zwieńczono również pięciokolumnową szafę 27-głosowych organów. W kaplicy Świętej Rodziny, przy tej barokowej chrzcielnicy, 20 czerwca 1920 roku ochrzczono przyszłego Namiestnika Stolicy Piotrowej.