Obecny kształt świątyni jest efektem rozbudowy i odbudowy kościoła dokonanej przez ród Oppersdorffów po wojnie trzydziestoletniej i w następnym stuleciu.

Prawdziwym arcydziełem sztuki barokowej jest ołtarz główny wykonany w 1751 roku. W centrum ołtarza znajduje się malowidło, które wyszło spod ręki Józefa Luxa z Opawy, przedstawiające „Ekstazę św. Franciszka”. Towarzyszą mu rzeźby świętych: Klary z Asyżu, Hieronima, Augustyna i Elżbiety Węgierskiej. Zdobione rokokowymi dekoracjami i kartuszem z herbami Oppersdorffów organy pochodzą z końca XVIII i zostały wykonane w znanej, lokalnej pracowni Berschdorfa, z leżącej niedaleko Nysy.

Nie mniej interesująca jest kaplica św. Antoniego, której kopułę zdobią wizerunki czterech Ewangelistów. Jej fundatorem był Jan III Oppersdorff. Również za jego przyczyną w Głogówku znalazł się „domek loretański”. Wybudowana w latach 1630 – 1634 barokowa kaplica zawdzięcza swą nazwę pierwowzorowi, którym zachwycił się hrabia Oppersdorff, czyli Świętemu Domowi z Loretto we Włoszech.

Najcenniejszym elementem pięknego wnętrza kaplicy jest kopia figury Matki Bożej z Loretto. Wyjątkowy status głogóweckiego sanktuarium wywodzi się z czasów wielkiej zarazy, szalejącej na Śląsku w I poł. XVII wieku. Franciszkanie otoczyli opieką wszystkich potrzebujących, tak chorych, jak i umierających, a władze duchowne i świeckie zobowiązały się w 1633 roku do wieczystych, dziękczynnych pielgrzymek do Domku Loretańskiego. Co ciekawe, pierwotnie kaplica była wolnostojąca, ale przy kolejnych rozbudowach kościoła została wchłonięta w obręb murów świątyni.

Tyle tu ciekawych miejsc. Tuż za Domkiem Loretańskim znajduje się Ołtarz Św. Krzyża, a warto zobaczyć również kaplicę św. Anny, ołtarz św. Jana Nepomucena i ołtarz św. Tekli. Legendy mówią również o dziwnej mszy, o zamurowanych sercach i o tajemniczych freskach w kaplicy loretańskiej. A do Głogówka znacznie bliżej niż do Loreto…