Wobec znikomej liczby pamiątek po Koperniku, przystępując do tworzenia muzeum po II wojnie światowej, zdecydowano o odbudowie i konserwacji całej zabytkowej architektury Wzgórza Katedralnego, przyjmując, że będzie ona jedyną rzeczywistą pamiątką po nim i po trzech wiekach polskiej administracji kościelnej. Patrząc na dzisiejszy stan tych obiektów okazało się to bardzo trafną koncepcją.

W tym miejscu Kopernik spędził 30 lat swojego życia. W tych wnętrzach, w kapitularzu, w katedrze przebywał i pracował, a mieszkał w wieży, którą nabył na własność. Główna ekspozycja „Mikołaj Kopernik – życie i dzieło”, która znajduje się na piętrze Pałacu Biskupiego, zaczyna się galerią portretów polskiego astronoma. Są tu nie tylko kopie najstarszych i najbardziej znanych portretów Kopernika, ale również oryginalne wizerunki graficzne i rzeźbiarskie. Choć wystawa przybliża postać uczonego głównie poprzez jego wizerunki i inscenizowane, ważne momenty z jego życia, w tle – za pomocą m.in. ksiąg, map, rycin i numizmatów – prezentowana jest epoka, w której żył i działał.

Przełom XV i XVI wieku to nomen omen „czas przełomu”, czas wielkich zmian światopoglądowych i politycznych, epoka wielkich odkryć geograficznych, epoka wstrząsów politycznych i zmian w Kościele, Rzeczpospolita Obojga Narodów wchodziła w swój złoty wiek, a Kopernik odgrywał w tym wszystkim niepoślednią rolę. Wystawa pozwala nam prześledzić życiową drogę astronoma. Od dzieciństwa w Toruniu, przez studia w Krakowie i we Włoszech, które dały mu tytuł doktora prawa kanonicznego i prawo do wykonywania zawodu lekarza, aż do działalności publicznej i naukowej. Wśród rozlicznych obowiązków, związanych ze sprawowanymi urzędami, Kopernik oddawał się wielu pasjom.

Poznajemy człowieka wyrastającego ponad swą epokę: kartografa, filozofa, lekarza i ekonomistę (mało kto pamięta, że pół wieku przed Tomaszem Greshamem, Kopernik sformułował prawo dotyczące prawideł obrotu pieniężnego, że pieniądz gorszy wypiera z obiegu pieniądz lepszy). Przy tym wszystkim okazał się całkiem sprawnym wodzem, który potrafił obronić Wzgórze Katedralne przed Krzyżakami. Największą sławę tego, który „wstrzymał Słońce a ruszył Ziemię”, przyniosła mu jednak uprawiana z zamiłowania astronomia. Rekonstrukcje przyrządów i instrumentów, którymi posługiwał się w tej pasji twórca teorii heliocentrycznej, wyeksponowano na specjalnie przygotowanym tarasie obserwacyjnym, tzw. pavimentum. Znajdziemy tam również faksymile rękopisu i jedno z wydań „O obrotach sfer niebieskich”, działa, które stało się bodźcem do fundamentalnej zmiany w postrzeganiu budowy wszechświata. Muzeum Kopernika we Fromborku – szczególne miejsce we wszechświecie.